Το σχολείο μας λειτούργησε για πρώτη φορά το σχολικό έτος 1980-81. Αρχικά στεγαζόταν στο χώρο του σημερινού 2ου Γυμνασίου Αμαρουσίου. Το 1995 μεταφέρθηκε επί της οδού Ζεκάκου 3, στην περιοχή Λάκα- Κόττου- Σωρού, και μέχρι και σήμερα στεγάζεται σε αυτό τον χώρο. Συστεγάζεται με το 4ο ΓΕΛ Αμαρουσίου.
Η επωνυμία “Ζεκάκειο” δόθηκε στο σχολείο προς τιμήν του δωρητού του χώρου, του γιατρού Νίκου Ζεκάκου.
Στο σχολείο υπηρέτησαν αξιόλογοι εκπαιδευτικοί και διευθυντές οι οποίοι προσπάθησαν να προσφέρουν στους μαθητές τους γνώση, δεξιότητες και ήθος με αποτέλεσμα να διακριθούν πολλές φορές σε μαθητικούς αγώνες και να αναλάβουν πρωτοβουλίες και δράσεις πέρα από την τυπική εκπαίδευση.
To 1997 το εργαστήριο πληροφορικής του σχολείου αποκτά σύνδεση με διαδίκτυο μέσα από την συμμετοχή του σε ευρωπαϊκό πρόγραμμα.
Κατά το χρονικό διάστημα 1998-2000 το σχολείο εξέδιδε το περιοδικό “Τύπος και Υπογραμμός” και βραβεύτηκε από το Ίδρυμα Μπότση.
Τον Μάιο του 1999 ανέβηκε στο σχολείο η παράσταση “Ιφιγένεια η Εν Αυλίδι”.
Το 2000 βραβεύτηκε για την συμμετοχή του στους πανελλήνιους μαθητικούς αγώνες χορού.
Το 2001 συμμετείχε στην δημιουργία του “Οδηγού Σχολικών Επισκέψεων” με 15 συνεργαζόμενα σχολεία. Το πρόγραμμα υλοποιήθηκε στα πλαίσια του προγράμματος ΕΠΕΑΕΚ Β΄Κινητικότητας από το Εθνικό Ίδρυμα Νεότητας.
Το 2005 υλοποιήθηκε στο σχολείο πρόγραμμα Ecomobilitiy.
Τον Απρίλιο του 2005 το σχολείο συμμετείχε στους μαθητικούς καλλιτεχνικούς αγώνες με τα έργα “Όρνιθες” του Αριστοφάνη και το έργο σύγχρονου θεάτρου “Υπέρ Πάντων ο Αγών”. Το έργο αυτό βραβεύτηκε με ειδική διάκριση.
Το 2007 εκδόθηκε βιβλίο με παραδοσιακές συνταγές μαγειρικής στα πλαίσια του μαθήματος της οικιακής οικονομίας.
Το 2010 στα πλαίσια του μαθήματος της πληροφορικής το σχολείο συμμετείχε στο πρόγραμμα “Διαγενεακή Επικοινωνία: Το παιχνίδι συνεχίζεται ψηφιακά”. Το πρόγραμμα διοργάνωσε το Ερευνητικό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο Εφαρμοσμένης Επικοινωνίας και το Εργαστήριο Νέων Τεχνολογιών στην Επικοινωνία του Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Μαθητές μας και μέλη του ΚΑΠΗ Νίκαιας συνεργάστηκαν στην οθόνη του υπολογιστή, για να καλλιεργήσουν μια εικονική φάρμα.
Τον Ιούνιο του 2010 ανέβηκε στο χώρο του σχολείου η θεατρική παράσταση “Ελένη” του Ευριπίδη.
Πολλές φορές έχει τιμηθεί για την κοινωνική προσφορά του, συμμετέχοντας σε δραστηριότητες κοινωφελούς χαρακτήρα.
Από το 2009 οι αίθουσες διδασκαλίας άρχισαν να εξοπλίζονται με διαδραστικούς πίνακες. Σήμερα όλες οι αίθουσες διδασκαλίας διαθέτουν διαδραστικούς πίνακες.
Έγιναν πολλές εκπαιδευτικές εκδρομές στα πλαίσια υλοποίησης εξωδιδακτικών προγραμμάτων.
Το σχολείο μας επιδεικνύει ευαισθησία σε θέματα που αφορούν την υγεία, το περιβάλλον, τον πολιτισμό, την κοινωνία και υλοποιεί προγράμματα οργανώνοντας τις σχετικές δράσεις. Ενδεικτικά αναφέρουμε την συνεργασία με το Χαροκόπειο Πανεπιστήμιο για την εκπόνηση επιστημονικής έρευνας που αφορά τις αθλητικές συνήθειες μαθητών και των οικογενειών τους, την συνεργασία με το Αγλαϊα Κυριακού για τις διατροφικές συνήθειες των μαθητών, ενημέρωση σε θέματα αγωγής υγείας σε συνεργασία με το ΚΕΕΛΝΟ και πρόληψη για ουσίες και ασφαλή χρήση διαδικτύου σε συνεργασία με την ομάδα πρόληψης και ενημέρωσης του ΚΕΘΕΑ, που πραγματοποιήθηκαν το 2015-2016.
Το σχολικό έτος 2014-15 οι μαθητές της Α΄τάξης παρακολούθησαν μαθητικό συνέδριο για την ασφαλή χρήση του διαδικτύου το οποίο διοργάνωσε το Υπουργείο Παιδείας σε συνεργασία με την υπηρεσία ηλεκτρονικού εγκλήματος της Ελληνικής Αστυνομίας.
Κάθε χρόνο ομάδες μαθητών και από τις τρεις τάξεις του σχολείου εκπαιδεύονται στις πρώτες βοήθειες από συνεργάτιδα του Ελληνικού Ερυθρού Σταυρού.
Το σχολικό έτος 2015-2016 υπήρξε συνεργασία του σχολείου με το Ινστιτούτο Οδικής Ασφάλειας και διοργανώθηκε στο χώρο του σχολείου επιτυχημένη ημερίδα με θεωρητική και βιωματική εκπαίδευση στην οποία συμμετείχαν όλοι οι μαθητές.
Το σχολικό έτος 2013-2014 οι μαθητές μας έφτιαξαν και πάλι βιβλίο με συνταγές μαγειρικής στα πλαίσια του μαθήματος της οικιακής οικονομίας. Το βιβλίο είναι δημοσιευμένο την ιστοσελίδα του σχολείου.
Την περίοδο 2013-2015 σχολείο συμμετείχε δυναμικά στο ευρωπαϊκό πρόγραμμα Comenius Regio – Ο εκφοβισμός των Εφήβων. Μαθητές μας παρουσίασαν έργα (ζωγραφιές, Video, αρχεία παρουσίασης) σε εκδηλώσεις που διοργανώθηκαν στα πλαίσια του προγράμματος. Μαθήτρια του σχολείου μας διακρίθηκε σε διαγωνισμό δημιουργικής έκφρασης για ποίημά της σχετικά σχετικά με τον εκφοβισμό. Η Διεύθυνση του σχολείου ανέλαβε την κριτική παρατήρηση- αποτίμηση του προγράμματος.
Το σχολείο συμμετέχει στο πρόγραμμα της Διεύθυνσης Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης (Δ.Δ.Ε.) Β΄Αθήνας ΣΗ. ΜΑ. (Σημερινός μαθητής – Αυριανός Ενεργός Πολίτης). Το πρόγραμμα αυτό είναι συνδεδεμένο με το ευρωπαϊκό πρόγραμμα Enable.
Ομάδα μαθητών μεντόρων, εκπαιδευμένων από την Δ.Δ.Ε. Β΄Αθήνας, ασχολείται με την επίλυση θεμάτων σχολικού εκφοβισμού μεταξύ μαθητών.
Από το 2013 υλοποιούνται με μεγάλη συμμετοχή μαθητών και επιτυχή αποτελέσματα περιβαλλοντικά προγράμματα, σε συνεργασία με Κέντρα Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης και την WWF, το Δήμο Αμαρουσίου, και το μουσείο Φυσικής Ιστορίας. Στόχος είναι η ανάπτυξη περιβαλλοντικής συνείδησης και ευθύνης τους μαθητές μας μέσα από δραστηριότητες που έχουν σχέση με την φύση. Προσφάτως ξεκίνησε η συμμετοχή της περιβαλλοντικής ομάδας στο πιλοτικό πρόγραμμα ανακύκλωσης του “Διόφαντου” με τίτλο “Ανακυκλώνουμε τα παλαιά μας βιβλία”.
Το σχολικό έτος 2021 -2022 το σχολείο μας υπέβαλε αίτηση να βραβευτεί για τις δραστηριότητές του και τα επόμενα χρόνια να αποκτήσει την πράσινη σημαία των οικολογικών σχολείων.
Μαθητές μας συμμετέχουν και διακρίνονται σε επιστημονικούς διαγωνισμούς, όπως της μαθηματικής εταιρείας, των φυσικών επιστημών και τους διαγωνισμούς αναγνωστικών δεξιοτήτων της Δ.Δ.Ε. Β΄Αθήνας. Συμμετέχουμε επίσης σε αθλητικές διοργανώσεις και διακρινόμαστε.
Κάθε μήνα το σχολείο διοργανώνει εκπαιδευτικές επισκέψεις σε μουσεία, αρχαιολογικούς χώρους, θέατρα. Οι μαθητές συμμετέχουν σε προγράμματα μουσειακής εκπαίδευσης με στόχο την βιωματική προσέγγιση της γνώσης, την καλλιέργεια της πολιτιστικές συνείδησης και την απόκτηση ερεθισμάτων που θα οδηγήσουν στην διαμόρφωση μιας πολύπλευρης κουλτούρας.
Από το 2014 οι ίδιοι οι μαθητές με την συνδρομή των γονέων τους διοργανώνουν Μπαζαάρ Αγάπης και τα χρήματα που συγκεντρώνονται διατίθενται σε συλλόγους για την προστασία παιδιών.
Από τον Νοέμβριο του 2015 λειτουργεί ιστοσελίδα του σχολείου. Στην ιστοσελίδα δημοσιεύονται όλες οι δραστηριότητες του σχολείου και εργασίες των μαθητών μας. Η ιστοσελίδα έχει πολλές ακόμα δυνατότητες και στόχος μας είναι να επεκταθεί η λειτουργία της με πιο δυναμική παρουσία των μαθητών μας και των καθηγητών τους.
Τέλος, στα πλαίσια της φιλαναγνωσίας από το σχολικό έτος 2015-2016 λειτουργεί σχολική – δανειστική βιβλιοθήκη, η οποία οργανώθηκε από το σχολείο με την συνδρομή του Συλλόγου Γονέων και Κηδεμόνων.
Με πρωτοβουλία του Συλλόγου Γονέων και Κηδεμόνων λειτούργησε στο παρελθόν όμιλος θεατρικού παιχνιδιού και όμιλος ρητορικής.
Από το 2014-2015 σε μια προσπάθεια ενίσχυσης της εύρυθμης λειτουργίας του σχολείου εφαρμόζεται σχολικός κανονισμός, ο οποίος επικαιροποιείται κάθε χρόνο.
Το σχολείο μας αποτελεί μέλος του Δικτύου των Συνδεδεμένων Σχολείων της UNESCO ASPnet από το 2017. Στόχοι της ομάδας UNESCO είναι η εξοικείωση των παιδιών με σύγχρονα θέματα, η συνεργατική μάθηση, η καλλιέργεια της κριτικής σκέψης και η διάδοση των γνώσεων στους συνομηλίκους τους μέσα από Κείμενα Παρουσιάσεων (peer-to-peer education).
Ο στόχος του σχολείου είναι η όσο το δυνατόν καλύτερη εκπαίδευση των μαθητών με γνώσεις και δεξιότητες που προέρχονται μέσα από προσεγμένη διδασκαλία και βιωματικά ερεθίσματα. Θέλουμε ένα σχολείο ανοικτό στην κοινωνία, το οποίο προσπαθεί να διαμορφώσει σκεπτόμενους και υπεύθυνους ανθρώπους.